中國科學院文獻情報中心現主辦15種期刊，包括院中心12種期刊：《圖書情報工作》《知識管理論壇》《化學進展》《數據分析與知識發現》《中國生物工程雜志》《科學觀察》《電子政務》《數據智能（英）》《智庫理論與實踐》《中國科技期刊研究》《高科技與產業化》和《數據與情報科學學報（英）》；武漢文獻情報中心1種期刊：《長江流域資源與環境》；成都文獻情報中心2種期刊：《天然產物研究與開發》和《世界科技研究與發展》。 　　

Science Citation Index（SCI）期刊：《化學進展》； 　　

Emerging Sources Citations Index（ESCI）期刊：《數據與情報科學學報（英）》； 　　

《中文核心期刊目錄總覽》（北大核心）期刊：《圖書情報工作》《中國科技期刊研究》《化學進展》《中國生物工程雜志》《天然產物研究與開發》和《長江流域資源與環境》； 　　

《中文社會科學引文索引》（南大核心）期刊：《圖書情報工作》《數據分析與知識發現》《中國科技期刊研究》《電子政務》和《長江流域資源與環境》。